Bizkaiko Agiritegi Historikoak, gainerako probintzietako agiritegi historikoek bezala, Justizia eta Instrukzio Publikoko eta Arte Ederretako Ministerioen 1931ko azaroaren 12ko dekretuan (Protokoloen agiritegi historikoen eta probintziako agiritegi historikoen araudi eta izendapenari buruzkoan) dauka abiapuntu legala. Horren bidez, Artxibozain, Bibliotekari eta Arkeologoen Kidegoaren zaintzapean jarri ziren ehun urteko notario-protokoloak, agiritegi historiko gisa berrantolatzeko. Dekretuak Protokoloen Agiritegi Historikoak sortu zituen Notarioen Elkargoak zituzten hiriburuetan, eta Probintziako Agiritegi Historikoak elkargorik ez zuten hiriburuetan.

Baina Errepublikaren eta gerra zibilaren garai nahasiek eta gudaren osteko urteetan zehar herrialdean bizi zen egoera sozial eta ekonomikoak atzeratu egin zuten Espainiako probintzia gehienetan agiritegi horien sorrera efektiboa. Bizkaiaren kasuan, 1942ra arte itxaron behar izan zen, orduan eratu baitzen. Hurrengo urtean jaso zen Balmasedako notario-barrutiari zegokion dokumentazioa, eta 1950ean jarraitu zen Bilboko notario-barrutikoarekin, zeina ordura arte baldintza prekarioetan gordeta baitzegoen. 1959ra arte luzatu zen Durangoko barrutiari zegokiona.

Hezkuntza Nazionaleko Ministerioaren 1947ko uztailaren 24ko Dekretuak, agiritegi eta biblioteken eta altxor historiko-dokumental eta bilbliografikoaren antolamenduari buruzkoak, are gehiago osatu zuen probintziako agiritegi historikoetako edukia; izan ere, xedatu zuen horietan gordeko zela, notario-agiriekin batera, Entzutegi eta Epaitegietako dokumentazio historikoa, bai eta Ogasunekoa eta probintziako beste sail ofizial batzuetakoa ere. Hala, dekretu hori nahiz geroagoko beste arau-xedapen batzuk aplikatuz, Hipoteken Kontularitzako, Jabetza Erregistroko eta Ogasun Ordezkaritzako funts historikoak sartu ziren.

Hainbat urte beranduago, 1969an, Hezkuntza eta Zientzia Ministerioaren maiatzaren 8ko Dekretuak, Administrazio Zibilaren Agiritegi Orokorra sortzeari buruzkoak, 5. artikuluan zabaldu egin zuen probintzietako agiritegi historikoen izaera historikoa. Hala, bitarteko agiritegien funtzioak esleitu zizkien, Administrazio Zentral eta Instituzionalaren probintzia mailako zerbitzuek sortutako dokumentazioarekin ere lan egin zezaten.

Funtzio berri hori betez, aldizkako transferentzien bidez sartzen doaz Estatuko Administrazio Orokorrak probintzian emandako askotariko zerbitzuek sorrarazitako funtsak. Horiek, artean balio historikorik izan gabe ere, balio administratiboaren zati bat galdua zuten, eta kontsulta primarioak murrizten zirenez, eskualdatzea komeni zen.

Ondorioz, zentroak aldi berean gauzatzen ditu bitarteko artxibategiaren funtzioak (urtero 15 urte baino gehiagoko dokumentazioa jasotzen duelarik) eta artxibo historikoarenak (izaera historikoa duten dokumentuak gordez).

2011n, Euskal Autonomia Erkidegoari eskualdatutako Estatuko Administrazio Orokorraren funtzio eta zerbitzuak hedatzeari buruzko ekainaren 24ko 897/2011 Errege Dekretuaren bidez Bizkaiko Artxibo Historikoaren kudeaketa, Arabakoarenarekin eta Gipuzkoakoarenarekin batera, Eusko Jaurlaritzari eskualdatu zitzaion. 2012an argitaratu zen hori aplikatu eta garatzeko administrazio biek sinatutako hitzarmena.

2018. urteaz geroztik Bizkaiko Foru Aldundiak kudeatzen duen agiritegia da, ekainaren 12ko 87/2018 Dekretuaren bidez Eusko Jaurlaritzak egindako eskualdaketaren ondorioz.

1988an Henao kaleko gaur egungo egoitzara eraman zenera arte, Bizkaiko Agiritegi Historikoak ez zuen eraikin propiorik, eta behin-behineko hainbat kokapen kateatu zituen jarraian.

Urte horietan sortu ziren gainerako agiritegi historiko probintzialekin gertatzen zen bezala, lehenengo kokalekua izan zen Bizkaiko Diputazioko jauregiko sotoan gaitutako espazio bat; izan ere, araudiak xedatzen zuen probintzietako diputazioek eta probintziako hiriburuetako udalek lokalak eta bitartekoak eman behar zituztela artxibategiak ezarri eta funtzionarazteko.

Jarduera areagotu zenez eta higiezin osoa helburu propioetarako behar zuenez, Agiritegiak, estatu administrazioaren beste zerbitzu batzuekin batera, estatuaren jabetzako eraikin bat okupatu zuen. Ramón de la Sota ontzi-jabeari konfiskatu zitzaion, kausa nazionalarekiko gaitzusteagatik.

Hala, baldintza prekarioetan egon zen harik eta 80ko hamarkadan higiezina Sota familiari itzuli zitzaion arte. Familiak saldu zuenean berriz ere egoera prekarioan egon zen. Horrenbestez, estatuak izen horrekin eratu berri zen Bilboko Notarioen Elkargoarekin batera kudeaketak jarri zituen martxan agiritegiaren egoitza iraunkorra izango zen higiezin bat eskuratzeko. 1985ean eskuratu zuten Bilboko erdialdeko eraikin bat, La Gaceta del Norte egunkariaren egoitza izan zena egunkari hori desagertu zen arte.

Bilboko zabalguneko XX. mendearen hasierako eraikin tipikoa da. 50eko hamarkadan atzealdean sei solairuko eraikin bat gehitu zitzaion. Hor izaten zituzten egunkari baten erredakzioko berezko materialak eta makinak.

Lehenago aipatutako egoerek behartu zuten 1988an eraikin berrira lekualdatzera dokumentazioa eta langileak. Artean egokitu gabe zegoen eraikina, eta berriztatu eta egokitzeko lanak 1992ra arte luzatu ziren. Urte hartan ireki zen jendearentzat.

Eraikin apala bada ere, jendearentzako eta administrazioko zereginetarako espazio mugatua duena, atzealdeko eraikin osoa biltegi gisa erabiltzen da. Hala, dokumentazioa behar bezala kontserbatzeko beharrezko baldintza guztiak ditu. Agiritegiak erreprodukzio (mikrofilma) eta lehengoratze zerbitzuak ditu.