Los montes de Ordunte fueron propuestos por el Gobierno Vasco como lugar de la Red Natura 2000 en 1997. La Comisión Europea los ratificó como tales en el año 2003, quedando así establecido el interés europeo en la conservación y protección de la naturaleza de este espacio.

El LIC (Lugar de Importancia Comunitario) Ordunte se localiza íntegramente en territorio vizcaíno, aunque las laderas sur de estos montes forman parte del LIC Bosques del Valle de Mena, en Burgos.

Los montes de Ordunte se caracterizan, sobre todo, por albergar la única turbera tipo cobertor activa (hábitat 7130*) de toda la CAPV. Este es un tipo de hábitat propio de las regiones oceánicas del oeste y norte de Europa, pero extremadamente raro en la Península Ibérica. Dicha turbera constituye el límite meridional de distribución europea de este tipo de hábitat y el límite oriental para la Península Ibérica. Además, Ordunte se caracteriza por acoger la mayor extensión de enclaves higroturbosos de la CAPV brezales húmedos (hábitat 4020*) y trampales-esfagnales (hábitat 7140). La presencia de todos estos hábitats es la principal razón por la cual este lugar fue designado como espacio Natura 2000. Estos enclaves se localizan en una matriz de pastizal formada por praderas montanas con cervuno (hábitat 6230*) y brezales secos (hábitat 4030), aprovechados por ganado vacuno y equino.

No obstante, el LIC Ordunte posee otros valores a escala europea. Los bosques naturales son hayedos acidófilos (hábitat 9120) y marojales (hábitat 9230), propios de un lugar fundamentalmente silíceo, aunque en las barrancadas y en zonas de ladera se desarrollan alisedas (hábitat 91E0*) que albergan algunas poblaciones de los helechos paleotropicales de interés comunitario Woodwardia radicans y Trichomanes speciosum.