El Archivo Histórico Provincial de Bizkaia, como los demás Archivos Históricos Provinciales, tiene su punto de partida legal en el Decreto de 12 de noviembre de 1931 de los Ministerios de Justicia y de Instrucción Pública y Bellas Artes sobre régimen y denominación de los Archivos históricos de protocolos e históricos provinciales, en el que se incorporaban al cuidado del Cuerpo Facultativo de Archiveros, Bibliotecarios y Arqueólogos los protocolos notariales centenarios para reorganizarlos como archivos históricos. El Decreto crea los Archivos Históricos de Protocolos en las capitales cabeza de Colegio Notarial, y los Archivos Históricos Provinciales en las capitales que no eran cabeza de Colegio.

Pero los años convulsos en los que se desenvolvió la República, la guerra civil y las circunstancias sociales y económicas en las que se vio envuelto el país durante los años inmediatos siguientes a la contienda, retrasaron en la mayoría de las provincias españolas la creación efectiva de dichos Archivos. En el caso de Vizcaya hubo que esperar al año 1942, cuando se materializó su creación. El año siguiente se recogió la documentación correspondiente al distrito notarial de Valmaseda, continuando en 1950 con la del distrito notarial de Bilbao, alojada hasta entonces en precarias condiciones, postergándose hasta 1959 la correspondiente al distrito de Durango.

El Decreto de 24 de julio de 1947 del Ministerio de Educación Nacional sobre ordenación de los archivos y bibliotecas y del tesoro histórico documental y bibliográfico, vino a conformar aún más el contenido de los Archivos Históricos Provinciales al disponer que en los mismos se depositarían, junto a la documentación notarial, la documentación histórica de Audiencias y Juzgados, de hacienda y de otras dependencias oficiales de la provincia. Así, en su aplicación y en la de otras disposiciones normativas posteriores, ingresaron fondos históricos de la Contaduría de Hipotecas, Registro de la Propiedad y Delegación de Hacienda.

Varios años más tarde, en 1969, el Decreto de 8 de mayo del Ministerio de Educación y Ciencia sobre creación del Archivo General de la Administración Civil, en su artículo 5º ampliaba el carácter histórico de los Archivos Históricos Provinciales asignándoles funciones de archivos intermedios respecto de la documentación producida por los servicios provinciales de la Administración Central e Institucional.

Cumpliendo con esta nueva función vienen ingresando, mediante transferencias regulares, los fondos generados por los diversos servicios de la Administración General del Estado en la provincia que, sin tener todavía un valor histórico, han perdido parte de su validez administrativa y el descenso en su consulta primaria aconseja su transferencia.

En consecuencia, el Centro simultanea sus funciones de Archivo intermedio, recibiendo anualmente documentación con más de 15 años de antigüedad, con las de Archivo histórico, conservando la documentación de carácter histórico

En 2011, el Real Decreto 897/2011, de 24 de junio, sobre ampliación de funciones y servicios de la Administración General del Estado traspasados a la Comunidad Autónoma del País Vasco, transfirió la gestión del Archivo Histórico Provincial de Bizkaia, juntamente con los de Araba y Gipuzkoa, al Gobierno Vasco, publicándose en 2012 el convenio suscrito por ambas Administraciones para su aplicación y desarrollo.

Desde el año 2018 es un archivo gestionado por la Diputación Foral de Bizkaia en virtud de traspaso efectuado por el Gobierno Vasco mediante Decreto 87/2018, de 12 de junio.

Hasta el año 1988 en que se trasladó a su sede actual en la calle Henao de la capital vizcaína, el Archivo Histórico Provincial de Vizcaya careció de edificio propio, ocupando sucesivos emplazamientos provisionales.

Como ocurría con el resto de Archivos Históricos Provinciales que se habían creado en esos años, la primera ubicación fue un espacio que se habilitó en el sótano del palacio de la Diputación Provincial de Vizcaya, ya que la normativa al efecto disponía que las diputaciones provinciales y los ayuntamientos de las capitales de provincia debían proporcionar los locales y los medios para su instalación y funcionamiento.

Al crecer las actividades de aquella y precisar para sus propios fines todo el inmueble, el Archivo pasó a ocupar, juntamente con otros servicios de la Administración estatal, un edificio propiedad del Estado, incautado a su propietario el naviero Ramón de la Sota por su desafección a la causa nacional.

Allí se mantuvo en condiciones precarias hasta que, al revertir dicho inmueble en los años 80 a la familia Sota y ser vendido por ésta, el Archivo volvió a estar en precario, por lo que el Estado comenzó las gestiones, juntamente con el Colegio Notarial de Bilbao recién constituido como tal, para adquirir un inmueble que fuera la sede permanente del Archivo, adquiriendo el año 1985 un edificio en el centro de Bilbao que había sido sede del diario La Gaceta del Norte hasta su desaparición.

Se trata de una construcción típica del ensanche bilbaíno de comienzos del siglo XX, a la que en los años 50 se añadió en su parte zaguera un edificio de seis plantas altas donde se ubicaba la maquinaria y el material propios de la redacción de un periódico.

Las circunstancias antes mencionadas obligaron a que en 1988 se trasladara al nuevo edificio, todavía sin acondicionar, la documentación y el personal, prolongándose las obras de reforma y adaptación del inmueble hasta el año 1992, fecha en que se abrió al público.

Si bien se trata de un edificio modesto, con bastantes limitaciones de espacio para zonas destinadas al público y a las tareas administrativas, todo el edificio zaguero está destinado a depósito, gozando de todas las condiciones necesarias para la idónea conservación de la documentación. El Archivo dispone de servicios de reproducción (microfilm) y restauración.