Está formado por aquellos fondos que tienen un carácter eclesiástico. Son los siguientes:

CASA SOCIAL LAS MERCEDES:

Documentos referentes a la fundación, régimen interior, reglamentos y planos de la Casa Social parroquial de Las Arenas (Getxo).

JESUITAS:

Documentación correspondiente al antiguo colegio de la Compañía de Jesús situado en el edificio en el que actualmente está ubicado el Museo Vasco de Bilbao. Es una documentación de tipo social, económico y de organización interna de la institución.

ZENARRUZA:

El archivo de la Colegiata de Santa María de Zenarruza (Markina-Xemein), fue ordenado y catalogado, por Juan Ramón de Iturriza a finales del Siglo XVIII, y continuado por Juan José de Mugartegui ya en nuestra centuria. El fondo está compuesto por veintisiete registros, cada uno de ellos con un número indeterminado de documentos y una treintena larga de libros de contabilidad, fábrica, cofradiales, etc, con una secuencia cronológica que abarca desde 1366, fecha en que se constituyó como abadía, hasta 1851, en que la desamortización de Mendizábal dió fin a su existencia.