Santimamiñeko koba Urdaibaiko arroaren ekialdeko ertzean kokatuta dago, Ereñozar mendiaren hegoaldean, hain zuzen ere, eta bertan ekosistema ugari (hala nola, artadi kantauriarra, landazabala eta estuarioa) dituen paisaia zabala da nagusi.

Kobaren sarrera egungo itsasoaren mailarekiko 150 metro inguruko altitudean eta hegoaldeari eta hego-ekialdeari begira dago. Sarreratik atartera igarotzeko modua dago, kanpoko argia bertara heltzen dela. Eremu honetan arkeologi elementu oso interesgarriak gordetzen dira; izan ere, Goi Paleolitikoaren hasieratik erromatar garairaino doan kultur sekuentzia ikus daiteke.

1918. eta 1962. urteen bitartean, batik bat, Telesforo Aranzadik, José Miguel de Barandiaránek eta E. Egurenek osatutako lan-taldeak egin zituen lehenengo arkeologi hondeaketak.

2004. urtetik gaur arte, jakintza-arlo anitzeko hogeitik gora adituk osatutako lan-taldea Santimamiñeko hondeaketetako beste fase batean lanean dabil, Bizkaiko Foru Aldundiak kobak balioa berriz hartzeko sustatu duen proiektuaren baitan. Egiten ari diren kobaren azterketa estratigrafikoaren helburu nagusia haren sekuentziaren bilakaera jakina zehaztea izan da, gaur egungo Historiaurrearen esparruan teknikak eta laginketa analitikoak aplikatzearen bitartez.

Horiek horrela, atartearen erdialderako, Erdi Madeleine alditik (orain dela 14.000 urte inguru) Kalkolitikoraino (orain dela 4.000 urte inguru) bitarteko giza okupazio mailak dituen 6 metroko potentziadun sekuentzia estratigrafikoa finkatu da.