En el último cuarto del siglo XIX Bilbao estaba sufriendo una transformación radical. El final de la guerra carlista, el auge de la explotación de las minas cercanas a la ciudad y la incipiente industria estaba produciendo la llegada de una numerosa población inmigrante que venía buscando trabajo. A menudo los inmigrantes eran familias o gente joven que pronto tenían hijos. Dado que la subsistencia de la familia obligaba a las mujeres a trabajar tantas horas como los hombres y que, además, ellas eran las encargadas de cuidar a la familia y, especialmente, a los niños pequeños, se planteaba un problema grave para ellas: debían dejarlos con alguien que les cuidara mientras cumplían su jornada de trabajo.

En el año 1881 el concejal Fernando L. de Ybarra presidió una Comisión que se encargó de redactar un proyecto de reforma de la beneficencia municipal. Uno de los aspectos que le llamó la atención era el abandono en el que se encontraban los niños más pequeños mientras sus madres trabajaban y la enorme desproporción de la mortalidad que se apreciaba entre los barrios acomodados y los más pobres. Por ello, una parte importante de su propuesta consiste en la creación de una sala cuna que acogiera a los hijos menores de tres años de las jornaleras mientras estas permanecían en el trabajo y se los devolviera al final del día. Se inspiraba en proyectos que habían echado a andar en Francia veinticinco años atrás y no sólo pretendía que la madre se pudiera ocupar de su trabajo con tranquilidad, sino asegurarse de que el niño estaba bien nutrido y aseado y se encontraba sano.

La idea fue aceptada con entusiasmo por el Ayuntamiento, que enseguida puso en marcha dos salas cunas, una en la calle Ribera y otra en una casa de Bilbao la Vieja, cercana al puente de San Antón, que el arquitecto Joaquín Rucoba remodeló para adaptarla a su nueva función. Sobre todo esta última, inaugurada el 7 de enero de 1884 bajo la administración de las Hermanas de la Caridad, tuvo una gran aceptación entre las familias. No fue ajeno el hecho de que se hubiera abierto en el corazón del barrio obrero de Bilbao.

El edificio de la sala cuna que hoy conocemos ocupa el mismo lugar que aquella casa en la que comenzó a andar en 1884. Se construyó de nueva planta a partir de un proyecto firmado por el arquitecto Ricardo Bastida en el año 1914. En él se reunía una escuela de párvulos, la sala de cunas para los niños más pequeños y la vivienda de las monjas que atendían el conjunto. En el exterior se utiliza un lenguaje modernista basado en el uso de azulejos y ladrillos.

El Ayuntamiento se hizo cargo de la organización de las salas cunas hasta 1929, año en que pasó a manos de la Caja de Ahorros Municipal de Bilbao. Entre ambas instituciones han mantenido abierta las salas durante ciento cuarenta años ininterrumpidamente.