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El Museo surgió del proyecto recopilador emprendido en 1974 por el entonces Presidente de la Academia de Ciencias Médicas de Bilbao, el Dr. José Luis Goti Iturriaga.

Desde 1979 está ubicado en la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea, Campus de Leioa, donde cuatro salas están situadas en el edificio de la Facultad de Medicina y Odontología, en la proximidad del Decanato y el resto, 19 salas más, pueden visitarse en el edificio de la Biblioteca Central. El patrimonio del Museo se aproxima a los 8.000 aparatos e instrumentos catalogados y unos 7.000 libros.

Ocupa un espacio de 1.520 metros cuadrados y está dividido en 23 salas que exponen materiales relativos a la práctica e investigación de diversas especialidades médicas como la cardiología, oftalmología, radiología, entre otras. Se pueden ver, también, instalaciones como un quirófano, un despacho o un laboratorio antiguos. Todo ello acompañado de una buena colección de documentación e iconografía.